ルート解説

どのルートも前作のようなキャラ別ルートではなく固定ルートになります。
選択したキャラクターの所属陣営に対応して敵機が変わるのみです。

Eルート(ザフト/連合/オーブ) (9/11解禁)

Fルート (10/23解禁)

【】で囲んであるユニットは倒せばステージクリアになるターゲットです。

A：一番難易度の低い簡単なルート。初心者や初乗り機体練習に向いている。
B：二番目に難易度の低いルート。デストロイやミーティア等の大型MAも出るのでそれなりに慣れたらどうぞ。
C：最も難易度の高いルート。後半やEXが玄人向。一部の機体ではほとんどクリア不可能とも言われる。
D：原作のストーリーを追って進むルート。Cより楽で、Bよりは難しくなっている。
E：旧機体と新機体が混ざって登場するルート。難易度はDと変わらないくらい。3面にミーアザクが登場。
F：自機以外の機体が完全ランダムのルート。アカツキ（シラヌイ装備）、ムラサメ（バルトフェルド機）、ミーアザクがランダムで登場。

DのEXは通常ルートで補えなかった部分を再現しているので両方をクリアして真のストーリー達成と言える。(携帯公式スタッフルームより)

(易しい) A≦B＜D＝E≦C (難しい)　Fはランダムなのでランク外
※A、BルートでもEXになると敵機の動きが良くなるので難易度は跳ね上がる。
※Fはランダムだが、組み合わせ次第ではCルート以上の難しさになる場合もある。

勢力別に難易度の差は・・無いと思えば結構ある。特にザフトルートはミーティア、デストロイと両方遭遇するため一部のルートでは鬼のように難しくなる。
顕著なのがザフトEルートで、出てくる敵や僚機のコストの高さなどが他陣営と比べて特にシビアになっており
同じEでも他陣営でプレイするよりも難度が1ランク高く感じることも結構ある。
オーブはミーティアこそ出ないが、デストロイが出るため難易度は「中」といったところか。
ただ、コストの高いドムが僚機で出てくることが多い陣営であり使う機体によっては
こちらが1落ちで負ける事もしばしば。そこら辺で厳しく感じるかもしれない。
連合はデストロイが出ない（例外あり）ためもっとも難易度が低い。また、僚機も一部のステージで僚機となる
ウィンダム（ネオ機）以外は特にコストに負担をかけるようなものは少ない。
射撃オンリー機体か初心者は連合のキャラでプレイした方がいいだろう。

またCPUが今回鬼のように強く、一部の機体では超苦戦（クリア不可能と思えるほどの）するルートも。
詳しくはCPU戦参照。

２人プレイでのキャラ選択でアスラン(FAITH)とアスラン(オーブ)は同時に選べない。ムウとネオも同様である。
また自分がAルートを最初に選択して、キャラを「キラ」、相方が「シン」を選んでゲームを始めると、
自分が最初に選択したキャラのルート、つまりオーブAルートでゲームが開始される。
また、協力プレイ時には例えば「ステラ」を選んでプレイしている人に「シン」で入ってきても連合ルートでゲームが進んでいく。
基本的には自分の好きなキャラを自由に使ってもいいと思うが、
自分の使うキャラがそのルートで敵として出てくる場合、
表示は「一般兵」扱いになるが、そのキャラの使う覚醒を使うので、複数出てくる場合などは分かりにくくなる時があるので、
慣れないうちや野良同士などなら味方陣営のキャラを使うと紛らわしくないと思う。