答えは鉛筆で書きなさい - lucifuge @Wiki

日本語では、手段を表すのは、助詞「で」で済まされるが、
英語の場合は、これに相当する前置詞が多様で、いつも悩まされる。
暗誦用例文、「試験の結果は電話でお知らせください」

Please let me know the result of the examination by telephone.

「電話で」なら、"by"を使っていて、ほとんどこれで対応できるのも事実だが、
今の場合の「鉛筆で」は、"in pencil"

Write your answers in pencil.

回答例も同じ